Im Mauermuseum befinden sich Exponate wie die Karte, auf der Winston Churchill 1945 die deutsche Teilung einzeichnete, Listen der Toten sowjetischer Internierungslager sowie Darstellungen der Geschichte des schwedischen Diplomaten Raoul Wallenberg, der ebenfalls in sowjetischer Haft umkam sowie zum Volksaufstand in der DDR 1953.Die Hauptausstellung hat außerdem das Leben in Berlin ab 1961 (Bau der Berliner Mauer) bis zum Mauerfall im Blick und soll die Leben derer, die versuchten zu fliehen oder jenen halfen, abbilden. Manche der interessantesten Objekte im Museum sind geniale Erfindungen, mit denen Menschen die Flucht versuchten - von präparierten Autos über Heißluftballons bis hin zu einem Mini-U-Boot. Weiters verfügt das Mauermuseum über ein originales Tagebuch Mahatma Gandhis und einen Themenblock zu Martin Luther King.
Abgerundet wird das Angebot des Museums durch eine Sammlung politischer Kunst und Ausstellungen zur NATO sowie anderen Konflikten auf der Welt, zum Beispiel zu den aktuellen Situationen in der Ukraine und in Nordkorea.