Ab Ende des 3. Jahrtausends v. Chr. bekam der Ort größere Bedeutung, da sich um ihn herum Königreiche entwickelten, worauf die schon damals existierenden Palastanlagen schließen lassen. Durch ein Erdbeben wurden fast alle Paläste Kretas zwischen 1750 und 1700 v. Chr. zerstört, später aber noch aufwändiger wieder aufgebaut. Der Palast von Knossos wurde mindestens bis ins Jahr 1370 v. Chr. genutzt. Nach einer mykenischen Invasion im 14. Jahrhundert vor Christus ging die minoische Kultur nach Ansicht von Historiker:innen unter, Knossos wurde zerstört und aufgegeben. Erst um 1000 v. Chr. wurde die Stadt wieder besiedelt.
Das griechische und römische Knossos späterer Jahrhunderte wiederum liegt nahe den Palastruinen, wurde aber bis heute nur zu einem kleinen Teil ausgegraben.
Entdeckung von Knossos
Der kretische Kaufmann und Amateur-Archäologe Minos Kalokairinos legte 1878 erstmals Teile der Anlage frei. Systematische Ausgrabungen fanden ab 1900 durch den englischen Ethnologen Arthur Evans statt und dauerten bis 1914 an. Über 20.000 m² der Anlage wurden in dieser Zeit freigelegt. Die Rekonstruktionen des Palastes, die man heute noch sehen kann, gehen auf ihn zurück, obwohl er dafür kritisiert wurde, dass er sich bei der Rekonstruktion des Palastes auf die Ästhetik damaliger Gebäude und Beschreibungen aus antiken Texten stützte, anstatt die von ihm gefundenen Überreste zu interpretieren. Über die genaue Nutzung der Stätte wird immer noch spekuliert. Einige Archäologen glauben, dass es sich um die Hauptstadt oder ein Verwaltungszentrum handelte, andere behaupten, es sei eine Nekropole oder eine heilige Stätte gewesen.Das Labyrinth des Minotauros
Der Minotauros war der Überlieferung zufolge ein mythisches, menschenfressendes Mischwesen aus Stier und Mensch, das durch den Mangel an Respekt, den Minos dem Meeresgott Poseidon entgegengebracht hatte, entstanden war. Minos ließ für dieses Wesen ein sagenhaftes Labyrinth errichten, in dem es gefangen blieb. Nachdem Minos die Athener besiegt hatte, mussten diese ihm als Tribut jedes neunte Jahr sieben Jungfrauen und Jünglinge übergeben, die er dem Minotauros opferte. Erst der Prinz Theseus konnte dem mithilfe von Minos’ Tochter Ariadne, die sich in ihn verliebt hatte, ein Ende machen. Er besiegte den Minotauros und floh mit Ariadne und den Geiseln nach Naxos. Der Ort des Labyrinths ist immer noch geheimnisumwittert, aber der Legende nach befindet es sich entweder unter dem Palastkomplex von Knossos oder in einer etwa 3 Stunden entfernten Höhle.